بدخشى نيز سجده كردن در حضور پادشاه را جايز دانست و فيضى نيز اين عمل را تأييد كرد ، چرا كه دين واقعى فيضى فقط رضاى اكبر شاه بود ، ولى از تأليفاتش پيداست كه عقيدهء اصلى او مذهب تشيع بوده و به همين مناسبت علماى سنى دربار به او طعنه مىزدند . در ديباچهء كليات او بعد از بسم اللّه و حمد عبارات زير ديده مىشود : « بسته در گنج به قفل خفا * داده كليدش به كف مصطفى صلى اللّه عليه و على آله و عترته كه مدارج مرقات علميه و جواهر مرآت فطريه‌اند » در قصيدهء منقبت و موعظت عقيدهء خودش را بيان كرده است ، از اصحاب اشاره‌اى مختصر و بدون نام آنان آورده اما در چهارده بيت اسامى دوازده امام را برده و در آخر مىگويد : فيضى نشود خاتمهء ما به هدايت * گر ختم امامان هدى را نشناسيم ( ر . ك : كليات فيضى جلد اوّل ، مرتب ، ا - د ، ارشد و مرتضى حسين فاضل ، چاپ لاهور سال 1967 م ، ص 19 ) . فيضى از ارادتمندان ملا احمد تتوى ، حكيم فتح اللّه شيرازى ، حكيم ابو الفتح گيلانى ، قاضى نور اللّه شوشترى و ملا احمد يزدى بود و در تفسير ، حديث ، طب ، حساب ، عربى ، فارسى و سانسكريت كارهاى چشمگيرى انجام داده است . فيضى به بيمارى سل مبتلا شد و براثر همين بيمارى در 10 صفر سال 1004 ه ق وفات يافت و در آگره در محوطه مقبرهء پدرش به خاك سپرده شد . ابو الفضل اين مقبره را در سال 1004 ه ق تكميل كرد ، اما در سال 1907 م از بين رفت . ( بوستان اخيار ، ص 152 ) . مؤلف مآثر الامراء نوشته است كه وى يك‌صد و يك كتاب را تأليف كرده است كه بعضى از آنها عبارتند از : 1 - سواطع الالهام ( تفسير قرآن مجيد به زبان عربى به حروف غير منقوط ) تقريظهاى متعددى بر آن نوشته شده است كه از ميان آنها تقريظ قاضى نور اللّه شوشترى حائز اهميت خاصى است . اين تفسير در سال 1002 ه ق به پايان رسيده ، سپس چاپ شده است . 2 - موارد الكلم ، اين كتاب نيز به زبان عربى است . قبل از تفسير و به صنعت مهمله نوشته است . موضوع اين كتاب علم اخلاق مىباشد . تأليف سال 985 ه ق است و به چاپ رسيده است . 3 - مثنوى مركز ادوار ( فارسى ، چاپى ) . 4 - ترجمه ليلا وتى ( از سانسكريت به فارسى ، چاپى ) .